一人会社の年末調整で間違えやすいこと｜社長一人の確認リスト

一人会社の年末調整で間違えやすいこと｜社長一人の確認リスト経費・経理実務
2026.05.20

こんにちは、日々会社と個人事業主での事業を行ったり来たりしている新米社長です。

この記事では、社長一人の会社で年末調整をするときに間違えやすいポイントを確認リストとして整理します。

法人化後の失敗は、難しい税法を知らないことより、会社と個人のお金を混ぜる、証憑を残さない、月次で残高を見ない、といった運用の崩れから起きやすいです。この記事では一人会社・マイクロ法人で先に決めておきたい実務ルールに絞って整理します。

一人会社でも給与を払えば確認する

年末調整は、給与の支払者が源泉徴収した税額と年税額を精算する手続です。社長一人の会社でも、役員報酬を給与として支払っている場合は、対象者や資料を確認します。

確認項目間違えやすいこと見直す資料
扶養控除等申告書提出・保存を忘れる申告書、扶養情報
役員報酬支払額と源泉徴収簿が合わない給与台帳、会計ソフト
源泉所得税毎月または納期の特例の納付額とズレる納付書、預り金残高
還付・不足額会計処理に反映しない年末調整計算結果

預り金の残高を見る

年末調整の後は、源泉所得税の預り金残高が不自然に残っていないか確認します。還付や不足徴収を給与支払や納付に反映したかを見ると、会計上のズレに気づきやすくなります。

  • 給与台帳の源泉所得税と会計ソフトの預り金を照合する
  • 年末調整の還付額や不足額をメモする
  • 納付書の金額と会計処理を照合する
  • 翌年1月の納付・給与処理までセットで確認する

翌年の準備も同時にする

年末調整は、その年の精算だけで終わらせず、翌年の役員報酬、扶養情報、源泉所得税の納付方法を見直すきっかけにします。

令和8年分の年末調整が終わったあとは、年明けに期限が続きます。納期の特例を受けている会社は、令和8年7月から12月分の源泉所得税を令和9年1月20日（水）までに納めます（納期の特例の記事）。法定調書と合計表の提出期限は、国税庁の手引で令和9年2月1日（月）とされています（法定調書合計表の記事）。PCなどの備品を持っている場合は、1月中に償却資産の申告も確認します。

令和8年分は改正後の表で計算する

令和8年分の年末調整では、令和8年度の税制改正で引き上げられた基礎控除（合計所得489万円以下なら104万円）と、給与所得控除の最低保障額74万円を反映した「令和8年分の年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」を使います。国税庁の「年末調整のしかた」でも、令和7年分の表から改正されているので必ず令和8年分のものを使うよう書かれています。

  • 給与ソフトや計算シートが令和8年分用になっているか
  • 改正で新しく扶養親族などの要件を満たす家族がいる場合、扶養控除等（異動）申告書を出し直したか
  • 年末調整で出た過納額を、源泉所得税の納付額から差し引いて還付したか
  • 令和9年1月からの給与で、改正後の源泉徴収税額表に切り替えたか

チェックリスト化する

  • 年末調整に必要な申告書を保存した
  • 給与台帳と会計ソフトの役員報酬が一致している
  • 源泉所得税の納付状況を確認した
  • 還付・不足額を給与や会計処理に反映した
  • 翌年の役員報酬と納付スケジュールを確認した

参考にした公式情報

制度や届出に関する部分は、国税庁などの公開情報を確認しています。個別の有利不利や提出期限は、最新の公式情報や税理士・社労士にも確認してください。

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